Через рік, у 1937 р., науково-дослідний сектор був реорганізований у науково-оперативну частину, а потім перетворений у групу видавничої діяльності й обслуговування виробництва (А. Д. Матвієнко). Організація виконання науково-дослідних робіт покладалася на деканів.
Для подальшого поглиблення й розвитку зв’язку з виробництвом, а також для створення навчально-виробничої бази із січня 1938 р. на основі проектної майстерні й науково-іспитових станцій інституту був організований науково-виробничий відділ (НВВ), начальником якого призначено М. С. Сліпченка. Відділ опікувався безперебійним обслуговуванням виробництва, наданням науково-виробничої допомоги у виконанні досліджень та здійсненні контролю. До його складу увійшли науково-іспитові станції (НІС) на будівництвах, НІС промвентиляції, НІС із боротьби з руйнуванням споруд. У зв’язку зі створенням науково-виробничого відділу група під керівництвом А. Д. Матвієнка була ліквідована. Величезною є заслуга Ананія Даниловича в організації наукових досліджень, зв’язку з виробництвом, а також у створенні лабораторної бази інституту. Відділ виробничих замовлень очолив В. Г. Лукін. У подальші роки вирішувалося завдання інтенсивного залучення кафедр до науково-дослідних робіт.
У 1938 р. до виконання робіт приєдналися 24 кафедри, було розширено науково-дослідну тематику, яка складала 80 тем. Згодом тенденція вибору тем змінилася: обиралися насамперед найбільш актуальні для народного господарства, комплексні, вагомі у науковому і практичному значеннях.
Кафедра фізики під керівництвом К. Д. Сінельникова у 1938–1939 р. здійснювала науково-дослідні роботи:
– «Зовнішній фотоефект із напівпровідників»;
– «Ртутні випрямлячі, їх робота і коефіцієнт корисної дії»;
– «Дослідження роботи ртутного випрямляча у зв’язку з можливим підвищенням напруги, що подається».
План науково-дослідних робіт у 1941 р. складався із чотирьох окремих планів за такими напрямами: науково-дослідний, дисертаційний (викладацького персоналу), навчально-методичний і дисертаційний (аспірантів). Він об’єднував 13 тем на загальну суму асигнувань 84 400 крб. У 1941 р. на їх розробку виділялося 65 900 крб. Загальна сума фінансування усіх чотирьох планів склала 206 596 крб., а в 1941 р. — 180 430 крб.
У тематиці науково-дослідної роботи інституту в 1940– 1941 рр. намітилися шість наукових проблем, які мали народногосподарське значення. Проблема «Напружене армування залізобетонних елементів, що згинаються», пов’язана з економією металу і розробкою новітніх залізобетонних конструкцій, охоплювала п’ять тем, «Індустріалізація будівництва» — 13. Велике значення для будівництва мала наукова проблема «Дослідження опорної здатності лесових ґрунтів», і не менш важливою для геодезистів було «Планове й висотне забезпечення топографічних зйомок». Найважливіша проблема будівельної механіки — «Стійкість стиснено-зігнутих стрижнів» — була відзначена на конференції АН СРСР у 1940 р. У роботі над проблемою «Розробка нового методу зимового будівництва» брали участь три кафедри: будматеріалів, фізики і хімії.
Вершина розвитку науково-дослідної роботи припала на кінець 30-х — початок 40-х років ХХ ст. Дослідження і здобутки колективу Харківського інженерно-будівельного інституту мали велике значення для народного господарства країни.