У 1942 р. з ініціативи М. С. Черкесова була створена антифашистська група, у складі М. Д. Агєєва, Середенка, Яцевича, які збиралися у його квартирі. Слухаючи радіопередачі Радянського інформбюро по змонтованому самотужки радіоприймачеві, вони друкували й поширювали листівки з інформацією про становище на фронтах, військово-політичну ситуацію на неокупованій території СРСР. М. Д. Агєєв — хімік за освітою, працював у ХПІ, займався виробництвом пудри, крему для взуття, оцту і бертолетової солі, був бригадиром сірникового виробництва напівкустарного типу. У лютому 1942 р. призначений заступником директора ХПІ і перебував на цій посаді до відновлення діяльності інститутів, що розташовувалися на території колишнього ХПІ.
Тяжким було життя в окупації професора кафедри малюнка і живопису О. О. Кокеля. Його прізвище внесене до списку видатних діячів міста. Окупаційна влада запропонувала йому очолити кафедру в художньому інституті, що давало можливість його сім’ї не голодувати, але він відмовився. Від постійного голоду в нього поновився кістковий туберкульоз. Перед вторгненням німців у місто, щоб врятувати свої картини, етюди, ескізи, написані в довоєнний період, частину їх закопав у дворі власного будинку, але під час нальоту німецької авіації бомба попала в цей двір, всі картини загинули, частково постраждав будинок. У лютому 1942 р. після першого тимчасового звільнення Харкова його син, випускник школи, вступив до Червоної армії, але через місяць загинув під Чугуєвим.
Ф. О. Беляков був завідувачем бібліотек механіко-машинобудівельного, хіміко-технологічного інститутів, що до війни розташовувалися на території колишнього ХПІ. За сприяння колективу бібліотеки йому вдалося вберегти від вивозу до Німеччини і знищення величезний книжковий фонд кількох харківських втузів і науково-дослідних інститутів, звезений у загальне приміщення.
Складну роботу порятунку майна ХІБІ весь період окупації здійснював доцент М. Н. Петлін.
Харківський інженерно-будівельний інститут в евакуації
В евакуацію вирушили викладач кафедри марксизму-ленінізму Ф. А. Смірнов, призначений 20 жовтня виконувачем обов’язків директора інституту, начальник навчальної частини Г. Г. Лукін, секретар партбюро М. В. Юданов, І. Г. Габай, голова профкому І. К. Козюля та кілька студентів.
Після прибуття вишу до Караганди розпочалася робота з упорядкування привезеного науково-навчального устаткування. Із січня 1942 р. відновлено навчальний процес, але у зв’язку з недостатнім набором студентів закрився факультет теплофікації, вентиляції, водопостачання й каналізації. На будівельний факультет, деканом якого був І. Г. Габай, набрано більше 20 осіб.
На підставі розпорядження Народного комісаріату вугільної промисловості з 1 червня 1942 р. ХІБІ на правах будівельного факультету був переданий до філіалу Московського гірничого інституту ім. Й. В. Сталіна. Доцент Г. Г. Лукін призначений його деканом, Ф. А. Смірнов, І. К. Козюля й інші співробітники звільнені, а І. С. Габай мобілізований на фронт. У Караганду зі Сталінградського механічного інституту був викликаний доцент В. П. Манжаловський.
У листопаді 1941 р. за рішенням Державного комітету оборони Дніпропетровський гірничий інститут тимчасово припинив свою діяльність і був евакуйований у Свердловськ, перевівши частину педагогічного персоналу і передавши майно Свердловському гірничому інституту й філії Московського гірничого інституту. Філіал Московського гірничого інституту (директор ДГІ П. Г. Нестеренко) розмістився в Карагандинському гірничому технікумі. Аудиторної площі не вистачало, заняття проводилися у дві зміни, причому не лише в технікумі, а й у гуртожитку. У будівлі, розрахованій на 300 осіб, деякий час розміщувалися головкоми і відділи Наркомвугілля. У складі філіалу МГІ факультет перебував до липня 1943 р. Наказом Народного комісаріату вугільної промисловості СРСР і Всесоюзного комітету у справах вищої школи філіал МГІ було закрито і реевакуйовано. До Москви для відновлення діяльності інституту повернулися 25 осіб професорсько-викладацького персоналу із сім’ями.
Дніпропетровський гірничий інститут ім. Артема на базі закритого філіалу МГІ із контингентом студентів тимчасово розпочав свою роботу у Караганді. До складу вишу увійшли факультети: гірничо-електромеханічний (декан — доц. Є. Я. Іванченко), гірничий (проф. П. С. Поляков), будівельний (доц. В. П. Манжаловський) із 67 студентами та підготовчі курси (Г. Г. Лукін). У цьому ж році на перший курс було зараховано 438 абітурієнтів, із яких 85 — на спеціальність промислового й цивільного будівництва. На інших факультетах проводилася підготовка зі спеціальностей: маркшейдерської, збагачувальної, гірничо-електромеханічної, шахтного будівництва, розробки пластових родовищ, економічної. Зі Свердловського гірничого інституту і підприємств Наркомвугілля для роботи у відновленому інституті були направлені 22 професори і викладачі, що перебували тоді в евакуації. Кілька місяців тривала реевакуація устаткування зі Свердловська до Караганди.
Студенти й викладачі брали участь у навантаженні вугілля, розвантаженні деревини й інших матеріалів. Науковий колектив інституту надавав науково-технічну допомогу Карагандинському вугільному басейну.
Указом Президії Верховної Ради Казахської РСР 5 вересня за успішну роботу з розвитку вугледобування у Карагандинському вугільному басейні були нагороджені грамотою 22 науковці ДГІ, серед яких к. т. н., декан будівельного факультету В. П. Манжаловський і завідувач кафедри прикладної механіки Є. Я. Іванченко.
Багато викладачів і співробітників ХІБІ, що перебували в евакуації, працювали у віддалених районах Сибіру, Уралу й налагоджували роботу промислових підприємств, вивезених із небезпечних районів. Так М. В. Юданов працював у Томську на електромеханічному заводі начальником відділу кадрів і виконував завдання Наркомвугілля з вербування робітників на шахти у Східний Сибір. А. Д. Моторний евакуювався в 1941 р. у Західну Казахстанську область, працював у колгоспі, потім був інспектором відділу технічного контролю в Південному аерогеодезичному підприємстві. О. Б. Тіц, завідувач кафедри вищої математики, у процесі евакуації потрапив у Троїцьк Челябінської області, де працював директором середньої школи, а потім професором фізико-ветеринарного інституту. Професор О. Г. Молокін залишився у Ташкенті, у Середньоазійському Промбудпроекті. Професор Я. В. Столяров, доценти П. А. Школьний надали технічну допомогу в консультуванні проекту висоководного мосту через Дніпро, внісши у проект доповнення, які поліпшили роботу конструкції. За це П. А. Школьний був нагороджений орденом «Знак Пошани». Професори О. І. Неровецький, Ю. М. Лейбфрейд, Б. Г. Шварцбург були направлені на будівництво Магнітогорського металургійного підприємства.
Багато викладачів, студентів, співробітників інституту не повернулися з війни. Героїчно загинули начальник військової кафедри, полковник В. А. Коневего, підполковник, викладач військової кафедри Я. Л. Райнберг. Звільняючи Харків у 1943 р., згорів у танку студент четвертого курсу Г. Кахновер, у Сталінградській битві загинув студент третього курсу О. Шелудяков, також полягли секретар комсомольського бюро Г. Боровський, редактор інститутської газети «Червоний будівник», випускник 1941 р. Н. В. Шафоренко.
Дотепер не встановлено точну кількість студентів, які загинули в роки війни. Сьогодні у списку полеглих в окупації і на фронтах Великої Вітчизняної війни 62 особи.