У 1995 р. у структурі університету відбулися великі зміни. Відкрито два інститути: інститут радіотехніки й електроніки (директори — професори В. І. Альохін, В. М. Шокало) та інститут комп’ютерних інформаційних технологій (професори Ю. П. Лук’янов, В. М. Левикін).
Інститут радіотехніки й електроніки налічував чотири факультети: радіотехнічний, телекомунікацій та вимірювальної техніки, електронних апаратів, електронної техніки.
Деканами радіотехнічного факультету свого часу були: професори В. І. Альохін (1995–1997), В. М. Шокало (1997–2000). Факультет складався із чотирьох кафедр: радіотехнічних систем, генерування та формування сигналів, основ радіотехніки, іноземних мов.
За факультетом телекомунікацій та вимірювальної техніки (декан проф. І. Н. Пресняков) закріпили три кафедри: прийому й обробки сигналів, багатоканального зв’язку, метрології та вимірювальної техніки.
Посвячення у студенти, 2011
Факультет електронних апаратів (проф. В. О. Стороженко) мав найбільшу кількість кафедр: конструювання радіоелектронних засобів, конструювання електронних обчислювальних засобів, технології автоматизації виробництва РЕЗ і ЕОЗ, інженерної та комп’ютерної графіки, охорони праці.
До факультету електронної техніки (проф. Ю. М. Александров) входили чотири кафедри: мікроелектроніки й електронних приладів і пристроїв, фізичних основ електронної техніки, біомедичних електронних пристроїв та систем, фізичного виховання.
Інститут комп’ютерних та інформаційних технологійоб’єднував факультети комп’ютерних наук, комп’ютерної інженерії й управління, прикладної математики та менеджменту.
До факультету комп’ютерних наук (професори В. Ф. Захарченко, Е. Г. Петров) належали чотири кафедри: інформаційних управляючих систем (В. М. Левикін), системотехніки (Е. Г. Петров), програмного забезпечення обчислювальної техніки і автоматизованих систем (М. Ф. Бондаренко), українознавства (О. З. Дюмін).
Факультет комп’ютерної інженерії й управління(професор Г. Ф. Кривуля) складався із чотирьох кафедр: електронно-обчислювальних машин, автоматизації проектування обчислювальної техніки, технічної кібернетики, філософії.
Посвячення у студенти. Ректор М. Ф. Бондаренко запалює «Вогонь знань»
До складу факультету прикладної математики та менеджменту (проф. Л. І. Шкляров) входили кафедри прикладної математики, застосування ЕОМ, економіки та менеджменту.
На початку 1996–1997 навчального року відбулися деякі структурні зміни: кафедра радіовимірювань була перейменована у кафедру метрології та вимірювальної техніки, автоматизованих систем управління реорганізована в кафедру інформаційних управляючих систем. Шляхом злиття виникли нові кафедри: мікроелектроніки й електронних приладів і пристроїв (на базі мікроелектроніки та електронних приладів і пристроїв) і біомедичних електронних пристроїв та систем (на основі кафедр біомедичної електроніки та теоретичної електротехніки й електроніки). З кафедри програмного забезпечення ЕОМ виокремилася кафедра штучного інтелекту (В. Я. Терзіян), яка утворилася на базі науково-дослідної та навчальної лабораторії як філія кафедри комп’ютерних наук та інформаційних систем Університету м. Ювяскюля (Фінляндія).
На початку 90-х років ХХ ст. почала руйнуватися стара політична система, припинили діяльність партком і комітет комсомолу інституту. Подальший перехід до ринкових відносин та економічна криза призвели до вкрай складної ситуації: перед вишем постало питання продовження свого функціонування як освітньої та наукової установи.
У 1995 р. у структурі університету відбулися великі зміни. Відкрито два інститути:
- інститут радіотехніки й електроніки (директори — професори В. І. Альохін, В. М. Шокало);
- інститут комп’ютерних інформаційних технологій (професори Ю. П. Лук’янов, В. М. Левикін).
Інститут радіотехніки й електроніки налічував чотири факультети: радіотехнічний, телекомунікацій та вимірювальної техніки, електронних апаратів, електронної техніки.
Деканами радіотехнічного факультету свого часу були: професори В. І. Альохін (1995–1997), В. М. Шокало (1997–2000). Факультет складався із чотирьох кафедр: радіотехнічних систем, генерування та формування сигналів, основ радіотехніки, іноземних мов.
За факультетом телекомунікацій та вимірювальної техніки (декан проф. І. Н. Пресняков) закріпили три кафедри:
- прийому й обробки сигналів;
- багатоканального зв’язку;
- метрології та вимірювальної техніки.
Факультет електронних апаратів (проф. В. О. Стороженко) мав найбільшу кількість кафедр:
- конструювання радіоелектронних засобів;
- конструювання електронних обчислювальних засобів;
- технології автоматизації виробництва РЕЗ і ЕОЗ;
- інженерної та комп’ютерної графіки;
- охорони праці.
До факультету електронної техніки (проф. Ю. М. Александров) входили чотири кафедри:
- мікроелектроніки й електронних приладів і пристроїв;
- фізичних основ електронної техніки;
- біомедичних електронних пристроїв та систем;
- фізичного виховання.
Інститут комп’ютерних та інформаційних технологійоб’єднував факультети комп’ютерних наук, комп’ютерної інженерії й управління, прикладної математики та менеджменту.
До факультету комп’ютерних наук (професори В. Ф. Захарченко, Е. Г. Петров) належали чотири кафедри:
- інформаційних управляючих систем (В. М. Левикін);
- системотехніки (Е. Г. Петров);
- програмного забезпечення обчислювальної техніки і автоматизованих систем (М. Ф. Бондаренко);
- українознавства (О. З. Дюмін).
Факультет комп’ютерної інженерії й управління(професор Г. Ф. Кривуля) складався із чотирьох кафедр: електронно-обчислювальних машин, автоматизації проектування обчислювальної техніки, технічної кібернетики, філософії.
До складу факультету прикладної математики та менеджменту (проф. Л. І. Шкляров) входили кафедри прикладної математики, застосування ЕОМ, економіки та менеджменту.
На початку 1996–1997 навчального року відбулися деякі структурні зміни: кафедра радіовимірювань була перейменована у кафедру метрології та вимірювальної техніки, автоматизованих систем управління реорганізована в кафедру інформаційних управляючих систем. Шляхом злиття виникли нові кафедри: мікроелектроніки й електронних приладів і пристроїв (на базі мікроелектроніки та електронних приладів і пристроїв) і біомедичних електронних пристроїв та систем (на основі кафедр біомедичної електроніки та теоретичної електротехніки й електроніки). З кафедри програмного забезпечення ЕОМ виокремилася кафедра штучного інтелекту (В. Я. Терзіян), яка утворилася на базі науково-дослідної та навчальної лабораторії як філія кафедри комп’ютерних наук та інформаційних систем Університету м. Ювяскюля (Фінляндія).
Професорсько-викладацький склад
У 1997 р. до професорсько-викладацького штату входило 558 осіб, зокрема 48 докторів наук, професорів, 13 професорів університету, 303 кандидатів наук, доцентів і 12 доцентів університету. В 1999 р. тут працювало 583 штатних викладачів, серед них — 53 докторів наук, професорів, і 32 професори університету, 283 кандидатів наук, доцентів та 14 доцентів.
Підготовка спеціалістів
У 1997–1998 навчальному році в університеті проводилася підготовка фахівців за 32 спеціальностями на перших-третіх курсах та за 12 спеціальностями на четвертих-п’ятих. Відбувся перший випуск зі спеціальності «Інформаційні системи в менеджменті» за фахом інженер-економіст (16 осіб). У наступному навчальному році виш припинив готувати фахівців за вечірньою формою навчання. У 1998 р. диплом отримали 1010 фахівців, зокрема 852 особи, що навчалися за денною формою, 60 осіб за вечірньою, 68 за заочною та 30 іноземних студентів. У 1998–1999 рр. студенти опановували 26 спеціальностей за 12 напрямами.
Указом Президента України від 07.08.2001 р. вишу присвоєно статус національного. З того часу він має назву «Харківський національний університет радіоелектроніки».
У жовтні 2010 року університет відсвяткував 80-річний ювілей. У день ювілею перед входом в університет була відкрита скульптурна композиція «Студент» (автор — Роман Блажко, дизайнер — Віктор Гончаренко), встановлена на благодійні кошти та пожертвування. На урочистому відкритті і святі були присутні почесні гості та випускники. Сьогодні Харківський національний університет радіоелектроніки — сучасний освітній та науковий центр, динамічно розвинений заклад вищої освіти, який забезпечує якісну підготовку студентів.